Пытаясь отправить форму в новом окне средствами javascript в Chrome (Safari) данная операция выполняется только один раз, после чего форму невозможно отправить даже в текущее окно (фрейм).
Как оказалось это баг самого Chrome. Решить ситуацию возможно по средствам создания уникального экшина (action) формы.
Например, используя библиотеку jQuery можно придумать что-то вроде:
$('#form').attr('action','index.php?'+Math.random()*1000).submit();